Вот этим коммитом только получилось решить: https://github.com/MODX-Club/modx-next-manager/commit/6941f32250554d189608c03881bc64443e32f6cc
Next-js перебивает пути __dirname и require.resolve(), из-за чего бьется схема nexus. Пришлось использовать process.cwd()