Вот. Это произходит потому что когда мы коммитим гит-проект с субмодулями, то коммитятся из субмодулей конкретные коммиты (сорри за каламбур). И когда мы клонируем проект с рекурсией, то субмодули не в мастере сливаются, а с этими коммитами (хотя можно и конкретный бранч указать для субмодуля). В общем, в таких случаях перед работой в конкретном субмодуле требуется переключиться в мастер (или другую нужную ветку, если это не master). git checkout master Что нам делать в данном случае? Собственно, гит сам сказал что делать. Мы и сделаем: 1. Создаем бранч из коммита git branch dev e15c969 2. Переключаемся в master git checkout master 3. Мержим (сливаем) изменения git merge dev 4. Выливаем на гитхаб git push -u origin master 5. Заходим на гитзаб и убеждаемся что коммит вылит в мастер 6. Дропаем (удаляем) дев-ветку git branch -D dev