Тогда все понятно. Здесь я писал, что официальный vapor не архивирует некоторые системные папки, включая MANAGER_PATH.
В своем модифицированном vapor-е я сделал, чтобы он архивировал в том числе и MANAGER_PATH/components. Но в Ace-1.4.1 Данил перенес файлы эйса из manager/components/ в manager/assets/, а эта папка не архивируется vapor-ом. Вот и ответ.
Но пакетов, которые хранят свои файлы в manager/ очень мало, и их можно даже просто запомнить. Простая переустановка имеющегося пакета в менеджере пакетов лечит это дело (даже не надо качать новый пакет, просто запускайте переустановку).