Единственное, что тут надо отметить, не получится выполнить git clone репозитория, у которого отсутствует алиас на нужную директорию в .git (в первом пункте примера мы сносим этот алиас). Можно предложить 2 варианта решения: либо указывать для репозитория, который нужен сейчас, алиас в .git, либо залить такой репозиторий на какое-нибудь гитохранилище и уже оттуда клонировать. Думается, что второй вариант предпочтительнее. Меньше мороки.