Это старая и темная бага MODX-а, ее уже не раз обсуждали.

1. Сделайте бэкап сайта
2. Выполните в консоли код:

<?php
$q = $modx->newQuery('modExtensionPackage');
$q->command('delete');
$s = $q->prepare();
// print $q->toSQL();
$s->execute();

3. Удалите папку core/cache/

Это должно решить проблему с (ERROR @ /index.php) Could not load class: shopModx from shopmodx.

А вот Could not load class: Order from mysql.order. — вот это уже скорее всего не полностью установился движок магазина. У вас сервер нормальный линуксовый или на локалхосте виндовом?