Безусловно разница в скорости есть. Но есть и другие аспекты, к примеру, попробуйте на чанках-сниппетах что-то в цикле набить. Надо будет в сниппете набивать чанки, а этот сниппет в другом месте вызывать и т.д. и т.п. А в смарти это просто в блоке {foreach} фигачится. А еще нет расширяемости ни сниппетов, ни чанков.
В общем, много всего пересказывать не буду, много раз уже говорилось. Повторюсь, что разница есть и она большая.