Вот в чём дело. Директива AddOutputFilterByType с

Вот в чём дело. Директива AddOutputFilterByType с версии Apache 2.1 (как только появился mod_filter) — приобрела статус deprecated. А с версии 2.3.7 переезжает из ядра в модуль mod_filter.

Именно поэтому в вышеприведённом примере файла конфигурации модуля «deflate.conf» (первый пример для Ubuntu) дополнительно выполняется проверка загрузки модуля modx_filter.

P.S. Вместо директивы AddOutputFilterByType также можно использовать более универсальный вариант на основе директивы FilterChain. Вот примеры: пример1, пример2.