Обычно ставлю modx, версию advanced чистую. Ядро кидаю сразу в сторону куда мне удобно. На первом этапе просто указываю правильный путь до ядра и всегда был доволен. А ещё я переименовываю папку connectors, и папку manager тоже. И до кучи папки assets тоже нет у меня. Можно посмотреть файлы config.core.php, connectors/config.core.php, manager/config.core.php. Ну там же написано где искать ядро, Но вы твёрдо уверены что оно в корне сайта. И создаёте папку core, мне кажется или это не по феншую?