1) Путаница с порядком сортировки возникает из-за того, что у тебя направление статей от старой к новым — снизу вверх, а автор сниппета держал в голове при написании, наверное, слева направо.
Управлять этим можно либо поменяв местами плейсхолдеры next и prev, либо как ты сделал — меняя порядок сортировки(возрастание/убывание).
2) 1 и 0 — это true и false.
Если есть что отображать в шаблоне, то сниппет кладет в _isactive единицу, если нет — то ноль. Это позволяет делать активные ссылки, если есть контент и неактивные, если нет.
[[+sn.first]] — если текущая статья близко «старому» концу списка(третья при твоем limit=2), то от сниппета в шаблон firsttpl(если б ты его создал и использовал) придет _isactive=0 и на месте плейсхолдера [[+sn.first]] на странице отобразится неактивная ссылка(тот код, что в ветке else).
[[+sn.prev]] — если текущая статья близко к «старому» концу списка(предпоследняя или последняя при твоем limit=2), то в шаблон snprevtpl придет значение _isactive=0 и на месте плейсхолдера [[+sn.prev]] отобразится код ветки else
[[+sn.next]] и [[+sn.last]] — аналогично. Если текущая статья близко к «новому» краю списка, то в шаблоны, отвечающие за вывод HTML кода в эти плейсхолдеры приходит _isactive=0 и при рендеринге шаблонов snnexttpl и snlast(если б он у тебя был) на страницу попадает код из веток else.
[[+sn.prevlinks]] и [[+sn.nextlinks]] — в эти плейсхолдеры подставляется код, отрендеренный с помощью чанка core/components/siblingnav/elements/chunks/snrow.chunk.html. Ты и его можешь переопределить своим чанком, если воспользуешься параметром &rowTpl.
[[+sn.self]] — за вывод в него отвечает чанк core/components/siblingnav/elements/chunks/snself.chunk.html, который можно переопределить с помощью параметра selfTpl. Но с этим ты разобрался.