так не запускается: ***@***:~/www/vapor$ php vapor/vapor.php Could not open input file: vapor/vapor.php

Если ls -la vapor/vapor.php выводит файл, то я не знаю по какой причине может не выполняться php vapor/vapor.php. Я именно так и собираю. Единственное, попробуйте прописать полный путь, то есть php /path_for_site/vapor/vapor.php. А то может пых-пых как базовую директорию не текущую использует.