Как я предполагал, мешает инпут, идущий после select с тем же name. Костыль конечно, но свою задачу решает. Сделал просто удаление инпута перед отправкой формы, все работает как надо. Спасибо за помощь!

else{
        $('#custom').remove();
        $select.val() = $name;
      }