Нет проверьте код select в форме на правильность передачи значений FORMIT, кажется там некорректно у вас что то если там верно то пробуйте так

$(document).ready(function() {
    var $select = $('#select'),
    $custom = $('#custom'),
    $customValue = 'Другое',
    $name =  $select.val();

    $select.on('change', function() {
$name =  $select.val();
       if  ($select.val() == $customValue) {
         $('#custom').show();
        }
else {
$('#custom').hide();
$name =  $select.val();
}
    });

 $('#form').on('submit', function() {
         if ( ($select.val() == $customValue) && ($custom.val() != '') ) {
            $select.val() = $custom.val();
        }
      else{
      $select.val() = $name;
      } 
    });
});