А в xpdo вроде как указание индексов вообще не предусмотрено. Если только собственную обёртку писать над xpdo…
Да и вообще, это не решение проблемы. Поскольку большинство пользователей не будет указывать явно индексы (на то они и пользователи). В этом случае при наличии дополнительных индексов в таблицах (как вы говорите, в ваших пакетах они присутствуют) некоторые запросы станут сильно тормозить.