Ну вот же идет конкатенация твоего «field1 DESC, field2» и «ASC» через пробел:

$sql.= $sortby['column'];
if ($sortby['direction']) $sql.= ' ' . $sortby['direction'];

в итоге: «field1 DESC, field2 ASC»

а дальше (если есть элементы еще) через запятую тоже самое:

while ($sortby= next($this->query['sortby'])) {
    $sql.= ', ';
    $sql.= $sortby['column'];
    if ($sortby['direction']) $sql.= ' ' . $sortby['direction'];
}

MySQL я знаю, просто не глянул как в хпдо запрос рендерится…