Дело в том, что прежде чем получить данные из связанных таблиц, эти данные должны набиться во временную таблицу.

Тогда целесообразно обеспечить набивку этих данных гарантированно в оперативку. На вскидку не назовёте соответствующую настройку (настройки) MySQL?