Версии обязательно должны совпадать? не помню кака

Версии обязательно должны совпадать? не помню какая у меня сейчас стоит

версию можно посмотреть в отчетах ну вообще то да должны.

файлы каких папок нужно будет добавлять в новую систему?

пакеты, ваши файлы и т.д.

можно заменить все КРОМЕ conectors/config.inc.php manager/config.inc.php core/config/config.inc.php config.inc.php