для этого есть простая хитрость в mysql синтаксисе, чтоб сортировала как числовое значение, а не как текст пишешь ORDER BY (value+0), не знаю как с join-ом но такой

$query = $modx->newQuery('modResource');
$query->where(array(
   'parent' => 70,
));
$query->groupby('id+0','DESC');
$boxes = $modx->getCollection('modResource',$query);
foreach($boxes as $key=>$val){
    $id[$key]=$val->get('id');
}
print_r($id);

запрос выполнился.