http://bezumkin.ru/sections/php/63/
http://bezumkin.ru/sections/php/170/
Вам ни что не мешает создать обычный php-файл, проинициализировать в нём modx и работать с ним (modx'ом), пользуясь стандартным api (в т.ч. процессорами). А для этого php-файла можно выставить свои настройки таймаута или запускать его по крону.