Проверь отредактировался ли vapor.php (именно на стороне сайта-источника). Не может он не перенести пользователя (тем более какого-то отдельного). Перед накатыванием все таблицы целевые очищаются, поэтому если бы пользователи переносились, то таблица modx_users на целевом сайте очистилась бы и туда или все новые записи попали бы, или наверняка вообще ни один пользователь бы не накатился из-за какой-либо ошибки.