Ну, мне лично приятнее сверху смотреть) Да и пользователям тоже, на множестве сайтах сделано так.
программно не нашел настройки, а в css эта строчка (833):
.alertify-notifier.ajs-bottom { bottom: 10px; }
файл этот: /assets/components/modxsite/templates/shopmodx/vendor/AlertifyJS/build/css/alertify.css