На счет остатков, мне пришлось в самую первую очередь решить эту проблему, так как мой интернет магазин работал со складом и заказывать того, чего нет на складе нельзя. Видимо у вас первый заказчик с таким требованием. Но склад должен быть обязателен для магазина. Скорее всего логика мало чем отличается от моей. Да и сейчас для меня решить такую задачу раз плюнуть на шопмодксе) а когда то только изучал его))) Так что обязательно закиньте его в сборку)
У меня вопрос по поводу сущностей товара, я так понимаю все дополнительное описание вы заносили в ТВ параметры? Я лично отказался от этого, расширив класс ShopmodxProduct.