Я техподдержке задал этот вопрос на всякий случай.
Так туда и лучше эти вопросы задавать. Я не знаю точно как у них там это делается. Я не знаю что у них там и с поддоменами. Вообще 1 домен != 1 инстанс MODX-а, то есть само это определение не имеет точности. Это может быть «ставьте сколько угодно инстансов MODX-а, но всего можете привязать 10 доменов», а модет они считают, что это именно 10 инстансов MODX-а. В общем, эти вопросы совсем не ко мне.