Все очень просто: создаете свой файл-шаблон с таким же путем, как и оригинальный. К примеру, если вам надо расширить шаблон shop/basket/entity/index.tpl, то создаете такой же файл в своем скине и в нем прописываете расширение базового шаблона (в данном случае {extends file="shop/basket/entity/index.tpl"}). Но расширять из расширяемого файла можно только блоки {block}. Если нет в нужном месте блока, то придется не расширять файл, а именно заменять (то есть тоже самое делаете, только копируете и меняете содержимое оригинального файла-шаблона).