Просто для запроса к веб-серверу извне :) То есть из браузера, к примеру. Полистайте инфу про основы работы веб-серверов. Браузер — это программка на стороне пользователя. Сайт ваш в ней не сидит (включая JS, CSS и т.п.). Чтобы получить эти файлы, браузер отправляет запросы на ваш веб-сервер, и веб-сервер (если файлы найдены и на их чтение есть права (в том числе права на запрос к данному разделу)) отдает ответ с содержимым файлов (или результатом выполнения скриптов). Вот CSS и JS с бутстрап-темы должны быть доступны для таких запросов. А вот Смарти-шаблоны в папке core/ нет. Конечно, если обратиться напрямую к смарти-шаблону, ничего как бы и не произойдет, потому что он должен выполняться в среде Smarty, но зато можно увидеть все содержимое шаблона, и посмотреть, к примеру, какие параметры он на себя принимает, чтобы передать их в процессор. Это уже угроза.