Николай, получается, основная (единственная?) причина такого разделения — это безопасность (ограничение доступа к файлам в core)?

Как будут доступны паблик-файлы..?

Не совсем понял, для кого или чего они должны быт доступны? Ведь только мы ими пользуемся на своем сайте.

И я думал, файлы bootstrap-темы не являются серверными файлами (или являются?). И по идее их можно было кинуть в нашу директорию со скином на смарти.

Не так?