Вариантов несколько:

1. в параматры шаблона добавить параметр «allow_php_tag» (да/нет). Но этот способ не рекомендуется c точки зрения безопасности.
2. (сам таким пользуюсь) Можно написать плагин для smarty. примеры можно посмотреть в папке core/components/modxsmarty/smarty_plugins/
3. необходимый код php разместить в контроллере (вместо base.php). там можно назначить smarty переменные, и их использовать при выводе.