простные связи Aggregate`сы главного объекта забитые в addOne addMany не могут сейваться через $main->save(), с этим и вся проблема, приходится под иерархию сохранять а потом только главный объект вставляя айдишники на детя в материнские объекты,
Очень даже могут. Вы просто что-то не так в своих связях прописали. Скорее всего напутали с owner-ом. Изучайте внимательно этот топик.
P.S. Пошел оффтоп. Пишите свой топик с описанием всех вопросов и задач и там уже общение давайте наводить, так как здесь мы вполне конкретную статью сейчас загружаем неконкретными комментариями.