Вам правильно подсказали. Придется поковырять конфиг на сервере. Если у вас ubunta или debian то apc.ini лежит в /etc/php5/conf.d/apc.ini. Тут вам нужна настройка:
apc.ttl – сколько секунд должны отсутствовать обращения к записи кэша прежде, чем apc перезапишет ее.(значения в милисикундах)
По умолчанию вроде стоит 7200 т.е. два часа. Если стоит 0 то кэш чиститься не будет.