Правильно ли я понимаю что плагин phpThumbOfCacheManager, который устанавливается вместе с самим компонентом phpThumbOf, очищает полностью папку кэша phpThumbOf? Поэтому его лучше выключать?

Да.

Вот еще на этот компонент посмотри: http://modx.com/extras/package/phpthumbsup Райн говорит, что он гораздо быстрее работает, чем phpthumbof